Uzyskanie statusu Krajowej Instytucji Płatniczej lub rejestracja jako Mała Instytucja Płatnicza to dopiero początek relacji z regulatorem. Bieżące funkcjonowanie instytucji płatniczej wiąże się z szerokim zakresem obowiązków compliance, których niedopełnienie może prowadzić do sankcji administracyjnych, a w skrajnych przypadkach do cofnięcia zezwolenia lub wykreślenia z rejestru.